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南京地铁集团有限公司内设10个部门包括办公室、组织宣传部、人力资源部、规划发展部、质量安全部、资产管理部、财务部、监察室（审计部）、土储管理部（土储分中心）、信息中心，1个直属单位：南京地铁交通设施保护办公室，4家全资子公司：南京地铁建设有限责任公司、南京地铁运营有限责任公司、南京地铁资源开发有限责任公司、南京地铁小镇开发集团有限公司。集团定位为资金的平台、资产的平台、资源的平台，以资金、资产、资源为纽带，通过建立和完善公司治理机制、业务管控机制、财务监管机制、干部聘用机制、绩效考核机制、项目管理机制和资金平衡机制等七大配套机制，协同好与建设、运营、资源开发、小镇开发四个子公司的关系，促使四家子公司集中精力完成好南京地铁自身建设、运营、资源开发和小镇开发任务。